События в ролевой игре происходят после событий игры Зов Припяти. Стрелок(он же Меченый) отключив "Выжигатель Мозгов" и расстреляв автоклавы на ЧАЭС возвращается в Припять, где встречается с Дегтярёвым и помогает ему установить причину провала операции "Фарватер". Объединённые силы коалиции, основываясь на данных, полученных от Дегтярёва и учитывая ошибки предыдущей операции, организовывают массированную атаку на ЧАЭС с целью её захвата, с использованием авиации и тяжёлой бронетехники. Свобода и Долг отправляют свои лучшие отряды, что первыми установить контроль над ЧАЭС. Многие сталкеры по разным причинам тоже направляются в глубь зоны, кто с мечтой о редком артефакте, кто в надежде найти легендарный исполнитель желаний и осуществить свои заветные мечты. Впервые за многие годы всем показалось что Зона скоро исчезнет, перестанет существовать. У кого-то это вызвало радость у кого чувство непонятной тоски и разочарования. Но вот в один из солнечных дней, когда воздух в Зоне был наполнен пением вернувшихся сюда птиц, грянул мощнейший выброс и день превратился в ночь. Казалось, что весь мир рушиться и подает ад. Так продолжалось до утра. Утром, тысячи мутантов смертоносной волной хлынули на штурм периметра зоны, с безумной яростью уничтожая всех на своём пути и не останавливаясь ни перед крупнокалиберными пулями ни перед огнём огнемётов. Оставив две линии внешней обороны и ценой сотен жизней солдат, военным удалось не допустить крупного прорыва. Но ни одна тварь не отступила, даже смертельно раненные с оторванными конечностями и выгоревшими до костей телами они продолжали ползти с одним желанием убить тех, кто им мешал пройти. Те немногие сталкеры, которым посчастливилось выжить после этого ада, попытались добраться до центра зоны, в надежде помочь ушедшим туда свои товарищам. Лидеры группировок Свободы и Долга направили отряды своих лучших бойцов к центру Зоны снарядив их всем необходимым. Через несколько дней лишь несколько сталкеров из тех отрядов, измученных и еле живых, доложили своим командирам, что «Выжигатель Мозгов» снова работает, а Рыжий лес стал настоящим адом из-за наводнивших его мутантов. Элитные квады Долга, после продолжительных поисков, так и не смогли найти город Лиманск, в надежде попасть через него в Припять, он вновь стал городом-призраком. По тому ужасу, которым предстала "новая" Зона, всем стало ясно, что все кто направился к центру зоны,погибли.

Сюжет by Шустрый.